اداره ساماندهی و نظارت از نظر ساختار اداری دارای یک مسئول و یک همکار (کارشناس) می باشد و اهم وظایف آن عبارت است از:
1. دریافت و بررسی تقاضای تاسیس مدرسه از مؤسسین
2. تشکیل پرونده تاسیس و اعلام نظر نسبت به احراز شرایط و نیاز یا عدم نیاز استان به تأسیس
3. ارسال پرونده به مرکز جهت اخذ مجوز و پیگیری آن
4. پیگیری تشکیل هیات امنای مدارس
5. نظارت بر مدیریت مدارس
6. امور مربوط به سامانه سما
7. بررسی شکایات واصله و پیگیری آن
8. سایر امور اجرایی از قبیل تجمیع بودجه پیشنهادی مدارس و ارسال آن به مرکز و امور محوله فرا معاونتی
در حال حاضر 12 مدرسه علمیه (سطح 2) و چهار مرکز تخصصی (سطح 3 و 4) که در استان قم و شهرستان های کاشان و آران و بیدگل فعال هستند تابع مدیریت حوزه علمیه خواهران اسات قم می باشند .